I Captain Sonar kontrollerar du och ditt team en toppmodern ubåt och försöker lokalisera en fiendeubåt för att spränga den i bitar innan de hinner göra samma sak med er. Alla roller är viktiga och konfrontationen är skoningslös. Var organiserad och kommunicera, för en kapten är ingenting utan sin besättning: förstamakaren, radiooperatören och ingenjören.

Alla medlemmar i ett team sitter på ena sidan av bordet och tar en särskild roll på ubåten, med arbetsfördelningen beroende på antalet spelare. Roller inkluderar: Kaptenen, som ansvarar för att röra ubåten och meddela vissa detaljer om denna rörelse; Radiooperatören, som lyssnar på den motsatta kaptenens order och försöker lista ut var den fiendeubåten kan vara i vattnet; Ingenjören, som arbetar i ammunitionsrummet för att förbereda torpeder, minor och andra enheter som möjliggör strid.

Captain Sonar kan spelas i två lägen: turordningsbaserat eller samtidigt. I det senare läget utför alla medlemmar i ett team sina handlingar samtidigt medan de försöker följa vad motståndarna gör. När kaptenen är redo att genomföra ett anfall pausas spelet en stund för att se om ett träff har registrerats — sedan fortsätter spelet med att målet har smugit iväg medan angriparen pausade, eller med bitar av metall som nu spridits över havets botten.

Flera kartor ingår med olika svårighetsnivåer.